Nach den Ereignissen von 1954 lösten sich die Schützlinge der Militärgruppen sukzessive an der Spitze des Landes ab und folgten konsequent dem vorgeschriebenen Kurs der Außen- und Innenpolitik. In den frühen 1960er Jahren führte eine solche Gefolgschaft (und chronische wirtschaftliche Probleme) zu Unzufriedenheit unter Armeeoffizieren, deren Anwendungspunkt die Eröffnung von Lagern im Land für die Ausbildung kubanischer Emigranten war. Mitte November 1960 versuchte eine Gruppe von Reformisten des Offizierskorps (die sogenannte “Jesus Company”) einen Militärputsch, der brutal niedergeschlagen wurde. Trotzdem entzündete sich an diesem Funken die Flamme. Interessanterweise waren es im Gegensatz zu allen anderen Rebellenbewegungen in der Region überhaupt keine Marxisten, keine Kommunisten und überhaupt keine Linken, sondern zwei der am Putsch beteiligten Offiziere, die die Niederlage nicht akzeptierten und den November schufen 13. Revolutionäre Bewegung (span. Abkürzung MP-13), eine Rebellenorganisation zum Sturz der de facto im Land errichteten Militärdiktatur. Es ist merkwürdig, dass beide Offiziere zuvor in Fort Benning und der School of the Americas, amerikanischen Bildungseinrichtungen, ausgebildet worden waren, wo sie unter dem Deckmantel von Funktechnikern und Fahrern Spezialisten für Aufstandsbekämpfung ausbildeten und in der Regel die treuesten.
1962 tauchten in der Selva linke Formationen auf, die “Abteilung des 20. Oktober”, die von der guatemaltekischen Arbeiterpartei (GPT, der ehemaligen Kommunistischen Partei) und der studentischen “Bewegung des 12. April” (nach der Durchführung einer friedlichen Demonstration in April). Zuerst hatten sie kein Glück, und die kleinen Abteilungen wurden leicht von der Polizei und der Armee zerstreut. Aus den ersten Niederlagen wurden Lehren gezogen, und alle Gegner des Regimes schlossen sich unter dem Banner der FAR (“Rebel Armed Forces”) zusammen. Diese Phase der Institutionalisierung war nicht die letzte, und mehr noch, der permanente Fraktionismus wurde zu einem Zeichen des guatemaltekischen Aufstands. All dies trug nicht besonders zum militärischen Erfolg bei, und zwar in den Jahren 1963-66. Die Bewegungen waren an kleinen Aktivitäten beteiligt – sie gingen gegen Informanten vor, insbesondere gegen grausame Sicherheitsbeamte, sabotierten das Eigentum von Oligarchen und amerikanischen Unternehmen und eroberten mehrere Stunden lang Siedlungen im Norden des Landes.
Mit der Machtübernahme des Juristen und Universitätsprofessors Julio Cesar Mendez Montenegro keimte Hoffnung auf eine positive Entwicklung auf, doch seine Verwaltung verwandelte sich bald in eine „zivile Fassade“ derselben Militärdiktatur, die keine Scheu vor den Mitteln hatte. Die allererste Woche nach der Amtseinführung Montenegros war gekennzeichnet durch das Verschwinden von 28 prominenten Mitgliedern der UPT in eine unbekannte Richtung – die erste massive Aktion dieser Art. Studenten, die sich gegen diese Praxis aussprachen, wurden selbst in gleicher Weise unterdrückt. Der Versuch der FAR, im Austausch für die drei als Geiseln genommenen hochrangigen Beamten Aufklärung über ihr Schicksal zu erreichen, führte zu nichts. Die Geschichte des Verschwindens von Politikern zeigte, wie abwesend es zumindest einige verfassungsmäßige Garantien, Rechte und Freiheiten im Land gibt, und der Untergrund beschloss, den Schwerpunkt seiner Aktivitäten auf den Guerillakampf auf dem Land zu verlagern.
Wenn jedoch solche offenen Repressalien in der Hauptstadt stattfanden, hatte das Militär außerhalb davon keinen Anreiz, sich methodisch einzuschränken, und ab der zweiten Hälfte der 60er Jahre wurden Napalm und andere wirksame Mittel von den „Kämpfern“ eingesetzt gegen den Kommunismus“. Die Zeit des “Gentlemen’s War”, wie die Ereignisse der ersten Hälfte der 60er Jahre nachträglich betitelt wurden, ist vorbei. Bei der groß angelegten Säuberung des Rebellengebiets im Departement Zacapa in den Jahren 1966-67 wurden etwa 300 Rebellen und mehr als 3.000 Zivilisten getötet. Es sei besonders darauf hingewiesen, dass die Vereinigten Staaten in diesen Jahren durchschnittlich 5 Millionen Dollar pro Jahr für die Bewaffnung und Ausrüstung der guatemaltekischen Armee ausgaben und ihre Berater massenhaft unter dem Deckmantel von “Archäologen”, “Sozialarbeitern” usw. entsandten. Im Interesse der Sache wurden Militärangehörige mexikanischer oder puertoricanischer Herkunft nach Guatemala entsandt, damit ihre Anwesenheit nicht so auffällig wäre. Infolge der brutalen Unterdrückung verlagerten die Rebellen ihre Aktivitäten in die Dschungel des nördlichen Teils des Landes und in die Städte, wo sie hart gegen lokale Sicherheitskräfte sowie gegen Diplomaten und Geschäftsleute aus den Vereinigten Staaten und verbündeten Ländern vorgingen.
Seit 1970 begann die Herrschaft der “Präsidenten in Uniform”; der erste ihrer Galaxie, der die Präsidentschaft übernahm, war Oberst Arana Osorio, der wegen seiner „Erfolge“ in Sacapa den Spitznamen „Der Schlächter von Sacapa“ erhielt. Unter ihm wurden die Ausbeutung der Ureinwohner und illegale Verfahren gegen sie durch lokale Landbesitzer weit verbreitet – Deportation vom Land und illegale Requisitionen am häufigsten, und der Widerstand gegen solche Praktiken durch die Indianer selbst führte dazu, dass sie sich Todesschwadronen zuwandten. 1971 zählte allein die offizielle Presse 959 politische Morde, 194 „Verschwindenlassen“ (in den ersten drei Jahren von Osorios Herrschaft wurden anderen Quellen zufolge etwa 15.000 getötet oder „verschwunden“); In den Jahren der Herrschaft von Osorio wurden 10% der Abgeordneten des Parlaments vermisst oder getötet.
1974-78. das Land wurde von General Laugerud Garcia geführt, der die Wahlen mit Hilfe administrativer Ressourcen gewann. Die Rechtswidrigkeit des Regimes zwang ihn, auf die üblichen Repressalien gegen die neue Regierung in Guatemala zu verzichten; Er führte sogar einige Reformen ein, die Oppositionsaktivitäten durften fast das Niveau von 1954 erreichen, und die Gewerkschaften durften Arbeitsfragen vor Gericht bringen, anstatt in den Kopf geschossen zu werden. Am Ende der Herrschaft des Generals wurde jedoch eine Umkehrung vorgenommen. 1977 brach ein Bergarbeiterstreik beispiellosen Ausmaßes aus, und im selben Jahr veranstalteten die Eltern eines Studenten namens Robin Garcia, der in den Händen des Militärs verschwand, Massenproteste von Studenten in Parks und um Regierungsgebäude, Zeitungen fielen ebenfalls zu ihren Gunsten aus, und die Beerdigung eines verstümmelten Mannes, der vom Militär außerhalb der Stadt zurückgelassen wurde, ergoss sich in eine 50.000-köpfige Demonstration mit roten Nelken, dem universellen Symbol des Kampfes. Danach begannen die alten Methoden der Zusammenarbeit mit der Opposition zurückzukehren. Allein im August desselben Jahres wurden mehr als 60 Regimegegner vermisst oder von den Todesschwadronen getötet.
Der nächste Militär, der das Präsidentenband trug, war General Fernando Romeo Lucas Garcia. 60 % der Wähler erschienen nicht zu den Wahlen, und weitere 20 % der Stimmzettel wurden von den Wählern aus Protest zerstört. Alle drei Kandidaten waren über die Manipulation empört, und da keiner der Kandidaten 50 % erhielt, wurde entschieden, dass der Kongress über diese Frage entscheiden sollte. Er erkannte, trotz der Drohungen der beiden anderen Kandidaten (aber Lucas Garcia hatte die Unterstützung von Laugerud und seiner Regierung), Präsident Lucas an. Nach seiner Machtübernahme befahl der Sieger, 5.000 Oppositionelle zu erschießen, darunter 76 politische Gegner des Regimes. Der Beginn der Regierungszeit von Lucas Garcia war von Streiks geprägt, von August bis Oktober traten die Einwohner der Hauptstadt in den Streik und forderten die Abschaffung einer zweifachen Erhöhung der Fahrpreise im öffentlichen Verkehr. Die Intensität der Leidenschaften war so groß, dass zu dieser Zeit Graffiti zum Thema Revolution in Hülle und Fülle an den Wänden auftauchten. Am Ende lenkte die Regierung ein und der Preis blieb gleich. Die „Geheime Antikommunistische Armee“, die wichtigste Todesschwadron Ende der 70er Jahre, veröffentlichte jedoch fast sofort eine Liste mit 38 zu beseitigenden Oppositionellen und machte sich aktiv an die Arbeit, und der Studentenführer wurde direkt nach dem Ende erschossen der Rede auf der Kundgebung vor vielen tausend Zeugen. Die Mörder verwendeten in einigen Fällen Hubschrauber und andere militärische Ausrüstung, die keinen Zweifel an ihrer Verbindung zum Militär ließen.
In den 70er Jahren versuchte die Linke, mit politischen Methoden zu handeln, aber dies brachte keine positiven Ergebnisse. Ende der 70er Jahre mussten sie wieder ins Feld gehen, hauptsächlich als Antwort. Diesmal verlagerten die Partisanen ihre Aktivitäten nicht in die östlichen, sondern in die westlichen Regionen des Landes. Die Regierungsarmee begann sofort mit selektiven Tötungen und dann mit Massenrepressionen. Im Januar 1980 kam eine Gruppe von Indianern aus Quiche und Ixil in die Hauptstadt, um eine Untersuchung der Morde in ihrer Region zu fordern. Die Inder wurden von Gewerkschaften und Studentenorganisationen beraten, was sie tun sollten, was ihre Position in den Augen des Militärs weiter verschlechterte. Den Indianern wurde in ihrem Fall eine Anhörung verweigert, und ihr Rechtsberater wurde vor dem Polizeipräsidium erschossen. Als Reaktion darauf beschlagnahmten am 31. Januar 1980 39 Mayas die spanische Botschaft und forderten eine Überprüfung der Haltung der Regierung gegenüber den Indianern. Unter Berücksichtigung der Popularität, die die Sandinisten mit solchen Aktionen erlangten, wurde bei einem Treffen des Präsidenten mit den Sicherheitskräften beschlossen, keine Verhandlungen aufzunehmen. Die Polizei platzierte absichtlich einen Sprengsatz in dem abgesperrten und mit Molotow-Cocktails gefüllten Foyer, verbarrikadierte daraufhin die Tür und verweigerte den Einlass der Feuerwehrleute, so dass das Militär tatsächlich ohne Reue die Botschaft mitsamt allen darin niederbrannte wurde klar, dass sie vor keinem Widerstand zurückschrecken würden. Der einzige Überlebende wurde aus dem Krankenhaus gestohlen und getötet.
In diesem Jahr befassten sich guatemaltekische Todesschwadronen, von denen die berühmteste die Weiße-Hand-Schwadron war (und auch Auge um Auge, die Neue Antikommunistische Organisation), mit 63 Studentenführern, 41 Professoren, 4 Geistlichen und 13 Journalisten. Tatsächlich machten sie die Morde zu einem Theater – sie machten großflächig Werbung für Listen zukünftiger Opfer, fügten den Toten anklagende Notizen bei usw.; Sie waren für das Militär eine sehr bequeme Möglichkeit, jede Beteiligung an den Morden zu leugnen. Eine der Abteilungen des militärischen Geheimdienstes wurde direkt für Attentate unter dem Deckmantel einer Todesschwadron geschaffen.
Außerhalb der Städte und damit außerhalb des Blickfelds internationaler Organisationen und Medien war es noch schlimmer. Am 29. Mai 1978 wurde im Dorf Pengos (Departement Alta Verapas) das erste Massaker an Zivilisten zur Abschreckung der Rebellen verübt; dann wurde diese Praxis üblich. 1981 entschieden die Aufständischen, angeblich inspiriert von den Fällen in Nicaragua und El Salvador, dass ihre Zeit gekommen war, und begannen, in einem nie dagewesenen Ausmaß Unterstützer aus der Zivilbevölkerung zu rekrutieren. Es folgte die umfangreichste guatemaltekische Rebellenoffensive der Geschichte, begleitet von umfangreicher Sabotage durch zivile Sympathisanten. Als Reaktion darauf griff das Militär zu massiver Zwangsrekrutierung, investierte für lokale Verhältnisse riesiges Geld in ein Netzwerk von Informanten und “Militärältesten” vor Ort, und im November 1981 begann die Operation Seniza (Asche), bei der das Militär alle zerstörte Dörfer auf dem Weg, die versuchen, sich entlang der Panamericana zu etablieren und die Zonen der Guerilla-Operationen einfach zu entvölkern. Die Rebellen konnten die indischen Gemeinden nicht vor dem Druck der Armee schützen – zum Beispiel beteiligten sich bis zu 15.000 Soldaten an den Sweeps von El Quiche nach Norden bis zur mexikanischen Grenze. Die Repression nahm an Umfang zu – 1980 verübten die Rechten etwa 80 Morde pro Monat, und 1983, in den Tagen der Machtübernahme von Ríos Montt, über 500 Verschleppungen“ („Wir haben nur keine politischen Gefangenen die Toten“, wie es eine Oppositionelle ausdrückte). Letztere taten viel, um das Bild der Geschehnisse zu verschleiern, und die Zeitungen erhielten strenge Anweisungen, keinerlei Material zu diesem Thema zu veröffentlichen.
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Seit dem Ende des guatemaltekischen Bürgerkriegs im Jahr 1996 kämpft Guatemala um den Aufbau eines neuen demokratischen Staates. Das Land hatte beim Übergang von der Diktatur zur Demokratie viele Herausforderungen zu bewältigen.
2014 erlebte das Land eine politische Krise, die die seither erzielten Fortschritte zunichte zu machen drohte. Der Präsident musste zurücktreten, nachdem sein Wiederwahlversuch vom Kongress blockiert worden war und Demonstranten die Straßen von Guatemala-Stadt erobert hatten.
Trotz dieser Rückschläge wird Guatemala demokratischer und offener und setzt seinen Weg in Richtung Demokratie fort.